Eau contenue dans de grands réservoirs qui permettent de corriger l'assiette du bateau et l'équilibrer. Les eaux de ballast posent problème lors de la vidange (déballastage), car des espèces vivant dans une partie du monde sont rejetées dans une autre zone, créant ainsi des perturbations écologiques. Avec la croissance des échanges internationaux, et tout particulièrement celle du transport maritime transocéanique, des problèmes apparaissent du fait de cet apport d'organismes vivants étrangers à l'environnement local. Désormais, des systèmes de traitement biologique et chimiques doivent traiter ces volumes d'eau, afin de limiter l'échange d'espèces invasives.