L’article L. 213-9-1 du code de l’environnement dispose que « pour l'exercice des missions définies à l'article L. 213-8-1, le programme pluriannuel d'intervention de chaque agence de l'eau détermine les domaines et les conditions de son action et prévoit le montant des dépenses et des recettes nécessaires à sa mise en œuvre. Le Parlement définit les orientations prioritaires du programme pluriannuel d'intervention des agences de l'eau et fixe le plafond global de leurs dépenses sur la période considérée ainsi que celui des contributions des agences à l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques [désormais OFB] ».
Le plafond des dépenses des 10ᵉ programmes d’intervention des agences de l’eau a été porté à 13,3 milliards d'euros sur la durée du programme (hors part de la redevance pour pollutions diffuses reversée à l’AFB dans le cadre du plan Ecophyto, hors contribution au budget général de l’AFB et hors primes).
Ce plafond de dépenses est réparti par agence et par grand domaine d’intervention:
- le domaine 1 concerne les actions de connaissance, de planification et de gouvernance : acquisition des données, prospective, communication et soutien aux acteurs nationaux et internationaux de la politique de l'eau. Les dépenses propres au fonctionnement et au personnel des agences de l’eau sont rattachées à ce domaine.
- le domaine 2 concerne les mesures générales de gestion de l'eau dont l'application est invariante sur le territoire et visent à assurer la bonne application des textes français et européens, quel que soit l'état du milieu ou l'effet attendu sur le milieu. Il s’agit notamment des mesures financées au titre de la directive eaux résiduaires urbaines ou de la directive eau potable.
- le domaine 3 concerne les mesures territoriales de gestion de l’eau qui viennent compléter les mesures nationales et sont motivées par la réalisation des objectifs de la directive cadre européenne, la lutte contre les effets de la sécheresse et certaines mesures de prévention des inondations.
Par ailleurs, les dépenses prévues dans ces domaines par chaque agence ne sont plus fongibles sans restrictions entre elles. Les dépenses du domaine 1 peuvent alimenter le domaine 2 et le domaine 3, celles du domaine 2 peuvent alimenter le domaine 3, mais celles du domaine 3 ne peuvent être redéployées ni sur le domaine 1 ni sur le domaine 2.
Données : Legifrance , 2013
Source : Arrêté du 26 février 2013 encadrant le montant pluriannuel des dépenses du programme d'intervention des agences de l'eau , 2013