À l’automne 2012, les comités de bassin et les conseils d’administration des agences de l’eau ont adopté les 10èmes programmes d’intervention des agences de l’eau pour les six prochaines années, 2013-2018. Ces programmes issus d’une large concertation entre les différentes catégories d’usagers représentés au sein des comités de bassin, répondent aux orientations nationales fixées par le ministère de l’écologie qui assure la tutelle des agences de l’eau. Pendant ces six années, elles mobiliseront 13,3 milliards d’euros pour la préservation de l’eau et des milieux aquatiques. Dans un contexte de maîtrise des dépenses publiques, les agences de l’eau conduiront des interventions plus ciblées pour l’atteinte du bon état des milieux aquatiques et la protection des ressources en eau, avec une recherche d’optimisation de leurs aides, conformément aux enjeux identifiés en application de la directive cadre sur l’eau par les plans de gestion des eaux dans les grands bassins hydrographiques français, les SDAGE, qui priorisent les interventions territoriales des agences de l’eau. Les 9èmes programmes étaient prioritairement basés sur une logique de soutien à l’équipement dans le cadre de la mise aux normes européennes des stations d’épuration des eaux résiduaires urbaines. Les 10èmes programmes, sont, quant à eux, orientés vers une logique de résultats pour la reconquête du bon état des rivières, des nappes, des lacs et des eaux littorales. L’action traditionnelle, assainissement et eau potable, est dans ce cadre largement renforcée aux domaines de la lutte contre les pollutions diffuses et de la restauration des milieux naturels.